يشرف على المركز مجلسا توجيهيا يرأسه الأمين العام للرابطة المحمدية للعلماء وتوكل إليه مهام تداولية وتقريرية، ويتشكل هذا المجلس من الشركاء التاليين:

• الرابطة المحمدية للعماء؛
• المندوبية العامة لإدارة السجون وإعادة الإدماج؛
• مؤسسة محمد السادس لإعادة إدماج السجناء؛
• المجلس الوطني لحقوق الإنسان؛
• المديرية العامة لمراقبة التراب الوطني.

.كما يمكن أن يضم شركاء فاعلين آخرين بموجب اتفاقية تحدث لهذه الغاية.

يخضع المركز للرئاسة الفعلية والمباشرة للأمين العام للرابطة المحمدية للعلماء، ويعتبر هو الممثل القانوني له أمام القضاء وأمام باقي السلطات والإدارات العمومية والمنظمات الوطنية والمؤسسات الأجنبية والدولية، وهو الناطق الرسمي باسم المركز.

تتشكل اللجنة العلمية من خبراء في مجالات تدخل ضمن اختصاص المركز، تم تعيينهم من طرف مجلس التوجيه، حيث تضطلع هذه اللجنة بالجوانب البيداغوجية والعلمية للمركز، من خلال:

• التحقق العلمي من مدى مطابقة برامج وأنشطة المركز للتوجهات العامة المسطرة من طرف مجلس التوجيه
• المصادقة على الآليات والأدوات البيداغوجية المعتمدة في وضع وإنجاز برامج وأنشطة المركز
• التقييم العلمي المستمر لبرامج وأنشطة المركز
• اقتراح التقويمات البيداغوجية والمنهجية لبرامج وأنشطة المركز
• التقدم بكل المقترحات الكفيلة بتحسين الأداء البيداغوجي للمركز

تم إيلاء مهمة الإشراف المالي بالمركز للجنة مالية برئاسة منسق مؤسسة محمد السادس لإعادة إدماج السجناء، وتضم في عضويتها أمينا للمال تم تعيينه لهذه الغاية، وممثلا عن الرابطة المحمدية للعلماء ومدير المركز.

حيث تتولى إبداء الرأي في مشروع ميزانية المركز  في انسجام مع قرارات مجلس التوجيه ومسك الحسابات وتدقيقها وإعداد التقارير المالية بشأنها.

يمارس مدير المركز ويساعده في تنفيذ مهامه أطر وأعوان وخبراء ومستشارين، تحت إشراف رئيس المركز، المهام التالية:

إعداد برامج لدعم ومواكبة المستفيدين من برنامج مصالحة وعائلاتهم بتنسيق مع مؤسسة محمد السادس لإعادة إدماج السجناء

الإشراف على برامج التأهيل وإعادة الادماج بالوسط السجني

السهر على صياغة برامج الوقاية ومحاربة التطرف داخل السجون

تدبير الموارد البشرية واللوجستية وإعداد الميزانية والتوقعات المالية للمركز

تنفيذ استراتيجية المركز والتزاماته في مجال الشراكة والتعاون والاشراف على التواصل والاعلام

تنفيذ وتتبع وتقييم استراتيجية المركز وإعداد الاحصائيات والدراسات وحفظ المستندات