يشرف على المركز مجلس التوجيه الذي يرأسه الأمين العام للرابطة المحمدية للعلماء وتوكل إليه مهام تداولية وتقريرية تمكنه من الاستقلالية الضرورية والكافية للتدبير السلس لشؤونه.

يتشكل مجلس التوجيه من الشركاء الدائمين الحاليين في برنامج “مصالحة” وهم: الرابطة المحمدية للعلماء والمندوبية العامة لإدارة السجون وإعادة الإدماج ومؤسسة محمد السادس لإعادة إدماج السجناء والمجلس الوطني لحقوق الإنسان والمديرية العامة لمراقبة التراب الوطني. وتتمثل اختصاصات المجلس التوجيهي كما يلي:

• تحديد استراتيجية عمل المركز ولاسيما التوجيهات العامة والاختيارات ذات الأولوية في إطار القيام بمهامه؛
• تحديد برامج عمل المركز السنوية ومتعددة السنوات والعمل على تقييمها دوريا؛
• المصادقة على النظام الداخلي للمركز؛
• تعيين أعضاء اللجنة العلمية؛
• المصادقة على الميزانية وعلى الحسابات السنوية للمركز؛
• المصادقة على اتفاقيات التعاون والشراكة التي يبرمها المركز؛
• ممارسة مراقبة مستمرة على تسيير المركز وتقييمه بصفة منتظمة؛
• دراسة التقرير السنوي للأنشطة الذي يقدمه إليه مدير المركز والمصادقة عليه؛
• اتخاذ جميع التدابير التي يراها مفيدة لتنمية وتحسين جودة الأعمال التي يدبرها المركز؛
• إخضاع حسابات المركز ونشاطاته للتدقيق الخارجي؛
• البت في قبول الهبات والوصايا.