تناط بمركز مصالحة مهام تنفيذ استراتيجيات وبرامج الوقاية من التطرف العنيف وإعادة تأهيل وإدماج المحكوم عليهم في إطار قضايا التطرف والإرهاب، وذلك من خلال:

• الإشراف على برنامج مصالحة في صيغته الحالية وضمان استمراريته وتطويره؛
• دعم ومواكبة المستفيدين من برنامج مصالحة بعد الإفراج؛
• صياغة برامج خاصة للوقاية من مخاطر السقوط في التطرف العنيف؛
• إحداث نظام لليقظة واتخاذ التدابير الممكنة لحماية محيطهم الأسري المباشر من خطر تبني الأفكار المتطرفة؛
• مسك بنك المشاريع والمعطيات المتعلقة بفرص ادماج المحكوم عليهم بعد الإفراج عنهم؛
• تنظيم دورات تكوينية وندوات وأيام دراسية ولقاءات علمية وإعداد ونشر الدراسات والأبحاث العلمية والمساهمة والمشاركة في الندوات واللقاءات والمؤتمرات والدورات التكوينية ذات الصلة بأهداف المركز؛
• تعبئة الموارد البشرية والمالية واللوجستية اللازمة لكل ذلك، ومسك قوائم الخبراء الذين تتم تعبئتهم لتأطير الدورات؛
• إبرام اتفاقيات تعاون وشراكة مع مختلف الهيئات الوطنية والدولية ذات الصلة بما يسهم في تحقيق أهداف المركز.